Altay altyapısından yetişip vitrine çıkan 23 yaşındaki Atakan Çankaya, 2018-2019 döneminde Ankaraspor’a transfer oldu.
Başşehir temsilcisi ile 2019-2020 döneminde küme düşen Atakan, çabucak akabinde Harika Lig’e terfi ederek Ankaragücü’ne transfer oldu. Atakan, 2020-2021 döneminde bu sefer Ankaragücü ile küme düşme hüznü yaşadı lakin tekrar Harika Lig’e transfer oldu.
Geçen dönemi Üstün Lig’de Göztepe forması ile geçiren Atakan bu kere İzmir takımında tıpkı bahtı yaşadı. Lakin, Atakan Ankaragücü’nden kiralandığı için kulübüne geri döndü. Ankaragücü ise tekrar Üstün Lig’e yükseldi ve Atakan tekrardan devler arenasında yer almayı garantiledi.
Atakan, üst üste üçüncü defa forma giydiği kadro küme düşmesine kendisi Muhteşem Lig’de kaldı.
Göztepe’de 24 maça çıkan Atakan Çankaya toplam 1577 dakika mühlet alarak grupta en fazla oynayan futbolcular ortasına ismini yazdırdı.